Fahrettin Altay, 12 Ocak 1880 tarihinde, Arnavutluk sınırları içindeki İşkodra şehrinde dünyaya geldi. Piyade Albayı olan İzmirli İsmail Bey babası, Hayriye Hanım da annesidir. Sahip olduğu erkek kardeşinin ismi ise, Ali Fikri’dir.

Birçok şehirde babasının tayin durumlarından dolayı bulunmak ve okumak zorunda kalan Fahrettin Altay, ilkokulunu Mardin’de bitirdi. Tarih sahnesine birlikte çıkacağı üniformasını, ilk olarak askeri rüştiyeyi okuduğu Erzincan’da giydi. Daha sonra Erzurum’a giderek, askeri idadiyi tamamladı. Fahrettin Altay, 1897 yılında başladığı İstanbul Harp Okulu’ndaki öğrenimini ise, 1900 yılında dereceyle tamamladı. Fahrettin Altay, İstanbul Harp Okulu’nu, birincilikle bitirmişti. Harp Okulu sonrası girdiği Harp Akademisi’ni 1902 yılında bir başka dereceyle, altıncılıkla bitirdi ve faal meslek hayatına başladı.

Fahrettin Altay’ın görev yaptığı ilk yerleşim yeri, Dersim’di. Bu mıntıkada 8 sene görev yapan Fahrettin Altay, 1905 yılında Kolağası (Kıdemli Yüzbaşı), 1908 yılında da Binbaşı rütbelerine yükseldi.  Takvim yaprakları 1912 yılını gösterdiğinde ise, zorlu yaşamına bir renk katarak, Münime Hanım ile evlendi. Hayrünisa ve Tarık isimlerini verdikleri iki çocuğa sahip oldu.  Fahrettin Altay, 2. Balkan Savaşı’nda, Çatalca Aşiret Süvari Tugayı’na liderlik etti. Bu zaman diliminde, Edirne’ye kadar ulaşmış olan Bulgar Ordusu'nu geri püskürtme başarısını gösterdi.

Fahrettin Altay, 1. Dünya Savaşı başladığı sırada, 3. Kolordu Kurmay Başkanı görevinde bulunmaktaydı. Bu dönemde, Çanakkale Cephesi’nde düşmanla savaşan Fahrettin Altay, Mustafa Kemal ile ilk olarak da bu sırada tanıştı. Çanakkale Savaşı’nın ardından, “Kılıçlı Altın Liyakat Madalyası” ve “Gümüş İmtiyaz Savaş Madalyası” verilerek ödüllendirildi.

1915 yılında, Harbiye Nezareti Müsteşar Muavinliği görevine tayin edildi. Yine aynı yıl, “Miralay” rütbesine terfi etti. Terfi etmesinin hemen sonrasında, Romanya İbrail Cephesi’nde göreve atandı. Ardından, Filistin Cephesi'ne “Birlik Komutanı” sıfatıyla gönderildi. Filistin’de yaşanan yenilginin ardından karargahın Konya’ya taşınması nedeniyle, 12. Kolordu Komutanı sıfatıyla Konya’da görev yaptı.

Ulusal Kurtuluş Savaşı’nın hemen öncesinde yaşanan İstanbul’un tanınmaması, Ankara’da bir takım kurtuluş çabalarının verilmesi gibi fikir ve uygulamalara ilk başlarda karşı çıkan Fahrettin Altay, özellikle Refet Bey’in Konya’ya atlı birliklerle gelerek, kendisine telkinlerde bulunması ve daha sonra da Mustafa Kemal ile görüşmesinin ardından, milli mücadeleye ikna oldu. Ankara’nın emrine girmeyi de kabul etti.

1. TBMM döneminde, Mersin milletvekili olarak parlamentoda yerini aldı. Mecliste vekillerin oluşturduğu hiçbir gruba katılmadı ve bağımsızların içinde yer aldı.  Fahrettin Altay, Türkiye Cumhuriyeti tarihi adına çok önemli noktalarda hizmet etmiş bir subaydı. Kurtuluş Savaşı süresince 12. Kolordu Komutanı vasfıyla Konya Ayaklanması'nı bastırması, daha sonraları yaşanan 1. ve 2. İnönü Savaşları’nda ve Sakarya Meydan Muharebesi'nde başarıyla görev yapması, Fahrettin Altay’ı unutulmaz kılan olaylardı.

1921 yılında Mirliva rütbesine (Tuğgeneral ile Tümgeneral rütbelerine eş değer, ya da bu rütbelerin arasında) terfi ederek “Paşa” oldu. Paşa olmasının hemen ardından ise, Süvari Grup Komutanlığı'na ataması gerçekleşti. Kurtuluş Savaşı’nın son dönemlerinde, Uşak, Afyon, ve Alaşehir çevresindeki çatışmalarda, birliğine bağlı süvariler büyük işler başardılar.  Fahrettin Altay’ın bir başka önemli özelliği ise, Yunan ordularını kovalayarak İzmir’e ayak basan süvari birliğine komuta etmesidir. Paşa, 10 Eylül'de ise İzmir’de, Başkomutan Gazi Mustafa Kemal Paşa'yı karşılamıştır. Fahrettin Altay, Büyük Taarruz'daki hizmetleri ve üstün başarıları neticesinde, Ferik rütbesine (Tümgeneral ile Korgeneral rütbeleri arasında) terfi etti.

2. Dönem TBMM'de ise, düşmanlardan temizlediği İzmir’in milletvekili olarak yer aldı. Aynı zamanda da 5. Kolordu Komutanı olarak görev yapmaktaydı. Hem askerlik, hem de vekillik işlerinin aynı anda yapılmasının zor olması sebebiyle, Gazi Mustafa Kemal Paşa’nın da tavsiyesiyle, vekillikten ayrılarak komutan olarak orduda kaldı.

Fahrettin Altay, 1926 yılında Orgeneral rütbesine terfi etti. 1930 yılında yaşanan ve memleket tarihine bir kara leke olarak düşen Menemen Olayı'ndan sonra Menemen, Balıkesir, ve Manisa'da ilan edilen sıkıyönetim halinin komutanlığına getirildi. 1933 yılında ise, 1. Ordu Komutanlığı'na atandı.

Fahrettin Altay, 1934 yılındaki Kızıl Ordu manevralarına, Türkiye'den gidecek askeri heyete başkanlık ederek katılımda bulundu. Bu manevralara, Türkiye’den başka hiçbir ülke davet edilmemişti. Yine 1934 yılı içerisinde, İran ve Afganistan arasında yaşanan sınır anlaşmazlığında, hakemlik yapma görevini üstlendi. Atabay Hakemliği adı verilen bir rapor hazırlayarak, günümüzün İran-Afganistan sınırının güney tarafının çizilmesini, Fahrettin Altay sağladı.  1938 yılında, Mustafa Kemal Atatürk için gerçekleştirilen cenaze törenine komutan tayin edilen Fahrettin Altay, 1945 yılında ise, Yüksek Askeri Şura üyeliği sırasındayken, yaş haddinden dolayı emekli edildi.

Fahrettin Altay, 1946 ile 1950 yılları arasında, Cumhuriyet Halk Partisi'nden Burdur milletvekili olarak meclise girdi. 1950 yılından itibaren siyasi hayatını sonlandırarak, İstanbul’a yerleşti.  25 Ekim 1974 tarihinde ise, uykusunda vefat etti. Ölümünden sonra Aşiyan Mezarlığı’na defnedilen naaşı, 1988 yılında, Ankara'da bulunan Devlet Mezarlığı'na nakledildi.

Fahrettin Altay, süvari birlikleri ile birlikte, özellikle batı cephesinde birçok Yunan ikmal noktasını etkisiz hale getirmiş, hızlı ve çevik hareketlerle her müdahale edilen noktada başarıya ulaşmış bir komutandı. Annesinin işgal yıllarında İzmir’in Karşıyaka ilçesinde ikamet ettiği, büyük bir özlem ile oğlunun ve silah arkadaşlarının İzmir’i geri alması için dualar ettiği de bilinmektedir. Ayrıca, İzmir’in en büyük bulvarlarından birine, Fahrettin Altay ismi verilmiştir.