Ağrı merkezden 102 km. Doğubayazıt ilçesinden 5 km. uzaklıkta bir dağın yamacındaki tepe üzerinde kurulmuştur. Saray binasının bulunduğu zemin kayalık ve sert bir yapıya sahiptir. Sarayın kuzey, güney ve batı tarafları dik ve kayalıktır. Sarayın sadece doğu tarafı ulaşım için müsait yapıya sahiptir. Sarayın giriş kapısı da doğu yönündedir.

1685 yılında, Doğubayazıt Sancak Beyi Çolak Abdi Paşa tarafından yapımına başlanmış, 1784 yılında İshak Paşa ve torunu Mehmet Paşa tarafından bitirilmiş ve kullanılmaya başlanmıştır. Sarayın yapımı 99 yıl sürmüştür. Türkistan, Selçuklu ve Osmanlı mimarisinin ortak özelliklerinin yansıtıldığı en güzel örneklerinden biridir. Sarayın süslemelerinde taş, ahşap ve kalem işçiliği kullanılmıştır. Sarayın yapımında, kesme taş ve moloz taş ile birlikte ahşap malzemeler kullanılmıştır. İnşaat sırasında kullanılan taşlar ile ilgili yapılan araştırmalarda 110 km. uzaktaki Ağa deve köyünden geldiği tespit edilmiştir. Saray Osmanlı İmparatorluğunun son dönemlerindeki en büyük yapısı olarak nitelendirilebilir, ayrıca Topkapı Sarayından sonraki en ihtişamlı yapı olarak nitelendirilebilir. Saray 150*50 metre genişliğinde bir alana sahiptir.

Saray iki avlu ve bu avlular içerisindeki yapılardan meydana gelmektedir. Bu yapıları sırasıyla şu şekilde sıralayabiliriz:

• * Dış cephe

• * Birinci ve ikinci avlu

• * Zindan

• * Selamlık Dairesi

• * Cami binası

• * Darüzziyafe (Aşevi)

• * Hamam

• * Harem Dairesi Odaları

• * Fırın

• * Merasim ve eğlence salonu

• * Kalorifer sistemi

• * Takkapılar

 *Cephanelik ve erzak odası

• *Türbe binası

• *Kapılar

•* Pencereler

• *Şerbetlikler

Birinci avludaki yapılardan bazıları yıkılmış olup; kullanılamaz haldedir. Saray içerisindeki türbe Selçuklu mimarisine sahiptir. Saray bölümü iki katlı ve 366 odadan oluşmaktadır. Her oda taş işçiliği ile yapılmış ocaklara sahiptir. Odalarda bulunan, taş duvarlarda bulunan boşluklar bütün yapıyı kapsayan merkezi ısıta sistemine sahip olduğunu ispat etmektedir. Dünyanın ilk kaloriferli binası olarak bilinmektedir.

Sarayın duvarları ve tabanı tamamen taş yapıya sahiptir. Sarayın taş işlemeleri incelendiğinde birbirinden farklı çok sayıda taş ustasının kendine özgü süslemeler yaptığı ve işlemelerde kendi işaretlerini kullandığı saptanmıştır. Ayrıca taş ustalarının yanı sıra kullanılan taşlarında farklı bölgelerden ve farklı tarzlarda yapıya sahip olduğu gözlemlenmiştir. Sarayın yapımında Türk hat sanatından en güzel örnekleri sergilenmiş ve silislere yazılmış ayetler sarayın duvarlarını süslemektedir ve görenleri kendine hayran bırakmaktadır. İshak Paşa Sarayının duvarlarında bulunan işlemelerden çiçek motiflerinin bölgede yetişen çiçeklerden esinlenildiği tespit edilmiştir. Ayrıca sarayın avlusunda bulunan türbenin duvarları, geometrik motiflerle süslüdür. Bu türbe içerisinde Çolak Abdi Paşa, İshak Paşa ve yakınları yatmaktadır.

Günümüzde tarih turizmine önem verenlerin en çok rağbet ettiği noktaların başında yer almaktadır. Ayrıca doğa tutkunları için sabah güneşin doğuşu, ve akşamları güneşin batışı kartpostallık görüntüler oluşturmaktadır.