Biyoloji ve tıp biliminde adı oldukça sık geçen mikroorganizma, bakıldığında geniş bir canlı topluluğunun genel ismidir. Gözle görülemeyen ve genellikle tek hücreli yapıda olan canlı topluluğunun genel adı olan mikroorganizmalara örnek verilecek olunursa karşımıza, mantarlar, bakteriler, yeşil algler, protistler, planktonlar ve de çeşitli mikro hayvanlar çıkmaktadır. Bu canlıların dışında yine binlerce farklı canlı türü de mikroorganizma kavramı içerisine girmektedir. Oldukça farklı türde olan mikroorganizmaların bazıları insan sağlığı açısından olumsuz sonuçlar doğurabilmektedir. Habitatı oldukça geniş olan mikroorganizma popülasyonu içerisinde ise bazı canlıların bu popülasyona dahil olup olmadıkları bilim adamlarınca günümüzde hala tartışılmaktadır. Bu tür canlıların başında ise virüsler gelmektedir. Bilim dünyası bu konuda ikiye ayrılmış durumdadır.

Toplumda mikroorganizma denildiği zaman, akla ilk olarak tek hücreli canlılar gelmektedir. Bu ifade doğru olsa da, çok hücreli olan bazı canlı türleri de bu tanım içerisinde kendisine yer bulur. Öyle ki, mikroorganizmaların yaşam alanlarına bakıldığında yer küre ve atmosfer tabakaları bu canlıların yaşam alanlarını oluşturur. Mikroorganizmalar, atmosferin birçok tabakasında, yer kürenin oldukça derinliklerinde, akarsularda, okyanusların en derin noktalarında, kayaçların içlerinde ve ekosistemin her bölgesinde yaşamlarını sürdürmektedir. Yaşam alanları göz önüne alındığında, mikroskobik boyutlarda olan bu tür canlılar yaşamımızın her alanında yaşayabilmektedir.

Mikroorganizmalar, ekosistemde oldukça kritik rollere sahiptir. Canlı ve yaşam devamlılığı açısından vazgeçilemez olan bu canlıların birçok görevi bulunmaktadır. Dünyada hayatın var olabilmesi için gerekli olan azot döngüsünün gerçekleşmesinde mikroorganizmaların büyük rolleri bulunmaktadır. Mikroorganizmalar azot döngüsünün dışında, dünyadaki iklim ve yağış olaylarında da etkili görevlere sahiptirler. Besinlerin ayrıştırılması, bazı canlılara besin maddelerinin sağlanması, iklim olaylarındaki aktif görev, azot döngüsünün gerçekleşmesinde oldukça kritik görev ve daha birçok özellikleriyle mikroorganizmalar, bazen insanlar için hastalığa neden olabilse de ekosistem de yaşamın var olabilmesi için oldukça önemlidir.

Günümüzde mikroorganizmaları inceleyen bir bilim dalı bulunmaktadır. Adı mikrobiyoloji olan bu bilim dalı, mikroorganizmalar üzerinde incelemelerde bulunarak bilim dünyasına destekte bulunmaktadır. Mikroorganizmaların varlığı ilk olarak Hollandalı bir bilim adamı olan Antonie van Leeuwenhoek tarafından 17. Yüzyılın son yıllarında keşfedilmiştir. Bilim adamının kendisinin tasarladığı mikroskopla görüntülenen mikroorganizmalar, bilim dünyasının birçok alanına destekte bulunmaktadır. Son yıllarda gelişen teknolojiyle birlikte önemi daha da artan genetik mühendisliği alanında mikroorganizmalara oldukça sık bir şekilde başvurulmaktadır. Yiyecek endüstrisi alanında da, mikroorganizmalar bu endüstrinin en kritik noktalarından birini oluşturmaktadır.

"Biyoteknoloji"adı verilen bilim dalında, mikroorganizmalar üzerinde çeşitli deneyler ve araştırmalar yapılmaktadır. Bu araştırmalarda, DNA değişimleri ile doku ve hücrelerin geliştirilmesi gibi konular ele alınmakta ve araştırmalar bu konuların üzerinde yoğunlaşmaktadır. Canlı devamlılığı için kritik rollere sahip olan mikroorganizmalar için mikrop kavramı da kullanılmaktadır. İnsanlar ve diğer canlılar için hastalık oluşturma potansiyeli olan mikroorganizmalar, tıp literatürüne Patojenik mikroorganizmalar diye geçmiştir. Patojenik mikroorganizmalar, insanlar dışında birçok bitki ve hayvan türünü de hasta yapıp öldürebilmektedir.