Refik Altınay, yazardır; Ahmet Ağanın oğludur. Askeri okullarda eğitim görmüş, teğmen olarak orduya girmiştir. Okullarda coğrafya, daha sonra Fransızca, öğretmenliği yapmıştır. İrtika, Malümat Hazine-i  Funun Mecmua-i Ebüzziya'ya yazılar yazdı.

İkinci Meşrutiyet'ten sonra Harp Okulu tarih öğretmeni oldu. Daha sonra Millet gazetesi yazarı oldu. Lâle Devri, Köprülüler, Tarih-i Simalar, Felaket Seneleri, Kadınlar Saltanatı gibi eserleri çeşitli gazetelerde tefrika edildi. Genelkurmay basım bölümünde bulundu.

Tarihi Osmani encümenine üye olarak seçildi, bir heyetle Fransa'ya gitti. Balkanlarda savaş sonunda emekli oldu. Kütüphaneler ve devlet arşivinde çalışarak tarihi eserlerini bitirdi. Yüzbaşı rütbesiyle uzun bir aradan sonra orduya katıldı. Sansür Genel müfettişliği vazifesi verildi. Eskişehir Sevk Komisyonu Başkanlığı sırasında hastalanarak İstanbul'a geri geldi. Enver Paşa'nın aracılığıyla İstanbul'da kalmasına onay verildi.

Birinci Dünya savaşı sonunda Ermenilerin Türklere karşı yaptıkları eziyetleri yerinde incelemek maksadıyla, yabancı gazetecilerden kurulu bir heyetin başında olarak Batum, Kars, Artvin, Erzincan ve Trabzon'na ziyaretlerde bulundu.

1918'de, Mehmet Beyin yerine, İstanbul Darülfünunu Osmanlı tarihi muallimliği olarak görevlendirildi ve bir yıl sonra da müderrisliğe terfi etti. Daha sonra Türkiye tarihi müderrisi oldu. Abdurrahman Şeref Beyin ölümü üzerine de Türk Tarih encümeni başkanlığına seçildi.

Darülfünunun 1933'te üniversite haline getirilmesi suretiyle yapılan ıslahat sonunda, açıkta kalarak zarurete düştü halka tarih ruhunu empoze etmiş olmasıdır. Yüz elliye yakın eserinin bazıları etraflı araştırmalara dayanmakla beraber, büyük bir kısmı, hakikatleri tahrif etmeden, tarihi roman tarzında yazılmıştır. Birçok manzumesi bulunur.

Şarkılarının çoğu bestelendi. Şiirleri, Gönül adlı bir kitapta yayımlandı. Tercüme birçok eser mevcuttur. Demirbaş Şarl isimli yapıtından ötürü, İsveç kendisine 1918'de bir nişan vermiştir.