Güneş lekeleri olarak bilinen bölgeler, uygun filtreleme yöntemleriyle gözlemlendiği zaman etrafına göre daha soğuk olan bölgelerdir. Bu alanlarda oluşan yüksek manyetik alan güneş püskürtüleri ve kütle fırlatılması için gereken uygun şartlar sağlanır. Güneş lekeleri, döngüsünü 11 yıl gibi bir zamanda tamamlamaktadır. Güneş döngüsünün uzayın durumu üzerinde büyük etkisi vardır ve Dünya'nın iklimi üzerinde de önemli bir etki yapar. Güneş etkinliğinin minimumda olduğu dönemler soğuk hava sıcaklıklarıyla, normalden daha uzun süren güneş döngüleri de daha sıcak hava sıcaklıklarıyla ilişkilendirilir. Güneşte bulunan hidrojen çekirdeklerinin füzyonla helyuma dönüşmesi sonucu (saniyede 600 milyon ton) 15-20 bin kilometre uzunluğunda aleveler ortaya çıkar. Güneşte meydana gelen püskürmeler ve patlamalar sonucu, yüksek enerjili parçacıkların dünyaya isabet etmesi üzerine oluşan doğa olayına güneş fırtınası (Solar Fırtına) denir.

Bu tür patlamalara güneş fişekleri adı da verilir. Bu patlamalar sonucu serbest kalan enerji uzayın boşluğuna doğru yayılır. Güneş fırtınaları içerisinde katı, sıvı ve gaz halindeki maddeler oldukça yüksek hızlara sahiptirler. Bu parçacıkların dünyamıza veya atmosfere sahip herhangi bir gezegene isabet etmesi; o gezegende jeomanyetik fırtınaya sebep olur ki gezegeni çevreleyen manyetik alan da dengesizlik oluşmasına sebep olur. Kutupların gökyüzünde görülen ve kutup ışıkları olarak adlandırılan bu renkli parlak ışıkların (Aurora Borealis ve Aurora Australis) sebebi bu parçacıklardır. Leke döngüsünün ilk zamanlarında patlamalar tehlikesizdir. Ancak döngü sonuna doğru patlamalar, uydu yayınlarını etkileyebilir ve GPS sistemlerinin yanlış okumalar yapmasına sebep olabilir. Geçmişte elektrik güç şebekelerinin kapanmasına sebep oldukları görülmüştür. Güneş fırtınalarının sebep olduğu en büyük zarar verici olay 1859 yılında Avrupa ve Kuzey Amerika’da sebep olduğu orman yangınlarıdır. Oluşan kutup ışıkları ekvatorun güneyine kadar görüldü.

2008 yılında ABD’de yapılan araştırmaya göre, yüksek güçlerde meydana gelebilecek bir güneş fırtınasının milyarlarca dolarlık hasara sebep olacağı öngörüldü. Oluşabilecek bu denli büyük zararın aza indirilebilmesi ve patlamaların etkilerinin incelenmesi için, dünyanın çeşitli yerlerindeki kuruluşlar; güneş faaliyetlerini, atmosferde meydana gelebilecek bozuklukları ve dünyanın manyetik alanındaki değişimleri takip etmektedirler. Güneş fırtınalarının sebep olduğu son büyük sorun 1994 yılında meydana gelen Kanada haberleşme uydusunun arızalanması ve ülkenin birçok yerinde elektriklerin birkaç saat kesilmesine sebep oldu.

Güneş fırtınaları esnasında atmosferdeki radyasyon seviyesini yükseldiği gözlemlenmiştir. Buda, rotaları kutupların üzerinden geçen uzun mesafe uçakları için endişe verici olabilmektedir. Mürettebatın böyle durumlarda karasal istasyonlarla iletişiminin kesildiği gözlemlenmiştir. Bu yüksek radyasyon seviyesi, uzay istasyonundaki astronotlar içinde tehlikeli olabilmektedir. Ayrıca bu durumlarda, dünyanın manyetik alanındaki değişiklerden yönlerini bulan hayvanlarında etkilendiği görülür.